据精神分析学说，性心理障碍(即性变态)者从其病史上追溯，往往在幼年时期性心理发育阶段曾受到某些挫折和困难。如长期与同性相处、无意中观看性交而受到惊吓、幼年的异性挚友被迫分离、父母过分溺爱等。儿童在面临这些困难时，采取认同、合理化、压抑、否认、转移等心理防御机制，可能使性发展过程“固着”或“倒退”在某个阶段上。当倒退而以婴孩式性行为在成年后持续表现时，即构成性心理障碍，如同性恋、恋物癖、窥淫癖、异装癖等等。成年患者基本上已“遗忘了”幼年生活中的心理冲突，或者说这些冲突存在于潜意识中。因此，精神分析法将利用自由联想、释梦等了解病源所在，指出疾病象征的真正含意，使病人认识并得到“领悟”，即从潜意识上升到意识中来，然后再用移情和转移技术，使病人脱离病源，恢复到正常生活中来。
在应用精神分析疗法治疗性心理劂时，首先要有一个良好的治疗环境。心理医生的仪表、言谈、治疗室的装璜和色调等，都起着重要的作用。总之，要尽量消除患者的紧张情绪，使他们置身于一个舒适而温暖的环境中。
了解病源所在，是治疗的第一步。此时采用自由联想的方法。病人可舒适而放松地躺着，心理医生站在其背后，任凭病人不加选择地把潜意识内容自由地表达出来。如童年的回忆、过去的经历、个人的创伤、梦等等。无论病人想到什么都可以说，医生不要轻易打断。当病人所谈到的问题不能流畅地叙述或避而不谈时，往往提示了其病态行为中的关键地方，这也是心理医生进行精神分析的突破口。有一位窥淫癖患者，在进行自由联想时，漫谈到音乐、艺术、文学、历史、生活等各方面的问题，并沉醉于早年其母对他的宠爱中，在回忆时他突然停止谈话而沉思。原来，他想起了幼年生活中早已遗忘的一件事：曾有一次他无意中看见了父母过性生活的场面，当时他既好奇又害怕，显然出现窥淫癖与童年的体验有关。在自由联想中，不同类型的性心理障碍者都可在早年经历中暴露这种突破口。如同性恋男性被动型患者，幼年时常与母亲过分亲昵，母亲无意识地常给予性的刺激，但又限制其对性的兴趣，过分的宠爱而使患者没有机会学习认同于男性。露阴癖患者幼年时常受到母亲及姐妹的欺负和取笑，他想拚命努力来证实自己是个男人，从而在妇女而前出示阴茎。而恋物癖患都常因幼年异性挚友的分离而苦闷，挚友的衣裤、发夹、辫子等在他心目中留下很深的印象。
通过自由联想，患者能在一定程度上得到宣泄，而心理医生对其病因也有了一定了解。这样，医生可针对病人情况进行阐述，从患者所叙述的经历中，分析其潜意识中反应出来的内涵，进一步帮助他克服抗拒回忆潜意识中经验的阻力。仍以上述窥淫癖患者为例，虽然他已经把潜意识中看见性生活的情节意识出来，但并未意识到和自己的病态行为有关，而仅仅当作一个偶然事件。此时，心理医生要慢慢引导病人当时的内心感受，给予适当的启发。通过启发，病人意识到当时仿佛有一种被欺骗了的感受，觉得宠爱他的父母还存在着什么不让他知道的秘密。在以后的多年生活中，也存在着想弄清女性生殖器到底是什么样的动机。然而病人承认，在接受精神分析前完全没有“意识到”窥淫行为与以前的经历有关。
阐释以后，病人把早年经历中的心理冲突逐渐转移到治疗过程中。这时，病人往往会把心理医生当作发泄强烈情绪的对象，可能异常喜欢，也可能出乎意料地憎恨。这就是精神分析过程中的移情作用。一些心理医生在面临着移情反应时，害怕给自己惹来麻烦而中断治疗，特别是异性病人对自己表示爱慕时。实际上，此时患者潜意识中的爱憎对象并非心理医生。通过阐释，患者的情绪回到了幼年时代，在他们的潜意识中将心理医生作为父亲或母亲的替身，成为爱或恨的对象，也就是把幼年时的感情移到心理医生的身上。早年对父母的依恋表现为正移情，对父母的怨恨则表现为负移情。移情的实质是患者幼年时代的情绪态度被引出了潜意识。
虽然移情是精神分析中的障碍物，但是若能巧妙地应用，即可为消除性心理障碍的有力工具。技术高超的心理医生对病人的移情不但不回避，而是感到高兴。医生开始可以尽量充当移情的对象，让病人的情感得到完全宣泄，然后，通过暗示和疏导，帮助病人了解自己的心境和人际关系，将病人的感情通过生活中的正常途径升华或转移出去，性心理障碍就得以治愈。
精神分析疗法治疗性心理障碍的疗效好坏，常取决于以下几个因素：第一，病人是否有强烈的求治动机，如果没有，则难以治疗；第二，病人是否因自己的异常性活动而深感痛苦，如果没有痛苦并自得其乐，在治疗中难以坚持；第三，病人年龄是否超过35岁，如果超过，其异常的性活动多已固定到人格结构中去，不易治愈。
由于精神分析法中的自由联想、阐释、移情等并非短时间内就能完成，而性心理障碍患者的人格结构又多有一定程度的偏差，所以其症状和行为的改善较为缓慢，必须进行长期治疗。一般而言，用精神分析疗法治疗性心理障碍，往往需治疗半年以上才能看出效。
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